مراحل بحرانی در طی فرآیند جوجه‌کشی عبارت‌اند از: مرحله اول که از روز «دوم تا چهارم» جوجه‌کشی رخ می‌دهد. علت بحران در این مرحله، عدم تطبیق جنین با تغییرات فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی در مراحل اولیه رشد است. مرحله دوم بین روزهای «یازدهم تا چهاردهم» جوجه‌کشی اتفاق افتاده و علت آن کمبود عناصر غذایی است. سومین مرحله نیز بین روزهای «هفدهم تا بیست و یکم» جوجه‌کشی و به علت نوسانات (حرارت، رطوبت و …) در ماشین جوجه‌کشی رخ می‌دهد.
